Hubungan kerjasama kabupaten/kota yang tergabung dalam Sekber Kartamantul tidak bisa dilepaskan dari peranan Pemda DIY. Rapat koordinasi tim pengarah Sekber Kartamantul dengan Sekda DIY rutin diadakan dalam rangka sinkronisasi dan koordinasi penanganan beberapa permasalahan yang beririsan atau terkait dengan kewenangan DIY. Awal 2019 rapat diadakan pada hari Kamis, 14 Februari 2019 di Ruang Rapat A Bappeda DIY. Rapat ini dihadiri oleh Sekda DIY beserta jajarannya serta Tim Pengarah Sekber Kartamantul. Rapat ini membahas terkait kegiatan Sekber Kartamantul Tahun 2019, sektor persampahan dan sektor air limbah. Kegiatan Sekber Kartamantul Tahun 2019 membahas rencana kegiatan yang akan dilakukan di tahun 2019. Kegiatan ini meliputi 6 sektor kerja sama disamping tambahan permasalahan internal dan sektor lain-lain yang merupakan request dari beberapa pihak demi kemajuan Sekber Kartamantul. Diantara beberapa kegiatan Sekber Kartamantul adanya desiminasi dan workshop yang menurut Bapak Gatot Saptadi selaku Sekda DIY menunjukkan eksistensi Sekber Kartamantul sekaligus membuktikan bahwa kabupaten/kota dapat berkoordinasi dengan baik. Sektor transportasi dan drainase menjadi sorotan selain persampahan dan air limbah. Kerjasama perhubungan perlu dilakukan sinkronisasi, mengingat perkembangan perkotaan yang semakin padat. Sektor drainase sendiri pengelola saluran drainase perlu diperjelas terlebih dahulu tugas dan wewenangnya masing-masing. Beberapa permasalahan drainase banyak yang disebabkan karena kurang pemeliharaan. Permasalahan ini akan dikomunikasikaahulu agar permasalahan dapat dikaji lebih detail.
Sektor persampahan perlu mengoptimalkan pengelolaan TPA Piyungan. TPA Piyungan mulai tahun 2019 dikelola oleh DLHK DIY melalui Balai Pengelolaan Sampah. Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam pengelolaan TPA Piyungan. Peralatan yang tersedia masih kurang optimal dengan waktu operasi 24 jam akan memperpendek umur peralatan dan boros konsumsi BBM, disepakati waktu operasi dirubah. Tenaga pengelola yang didominasi oleh tenaga kontrak harian perlu diperhatikan ke depan perlu disampaikan ke Biro Organisasi. Koordinasi juga dilakukan dengan masyarakat, permasalahan lingkungan TPA yang paling krusial adalah masalah jalan dan dampak lingkungan dari air lindi. Tahapan KPBU TPA Piyungan saat ini sampai pada FS (studi kelayakan). Studi kelayakan diharapkan sudah dapat memberikan gambaran pengelolaan sampah yang akan diintegrasi dengan B3 beserta teknologi yang akan digunakan. Pihak kabupaten/kota juga berusaha melakukan penanganan sampah di tingkat hulu. Kabupaten Bantul melakukan penambahan armada. Kabupaten Sleman merencanakan pembangunan TPST Tambakboyo sebagai pilot project. Kota Yogyakarta melakukan pengadaan truck dengan teknologi yang dilengkapi compactor dan merencanakan pengembangan TPST Karangmiri. Sektor air limbah masih terkait pembahasan kapasitas IPAL Sewon. Permasalahan air limbah yang kapasitasnya hampir penuh perlu inovasi. Selain itu juga ada rencana pembangunan IPAL di Pleret Kabupaten Bantul perlu dipercepat. Kabupaten Sleman sisi Timur sudah membuat IPAL Kawasan di wilayah Berbah tahun 2018 dan IPLT di Madurejo. Kota Yogyakarta penyambungan Sambungan Rumah (SR) yang ke IPAL Sewon sudah mulai dibatasi. Saat ini SR Kota Yogyakarta sudah kelebihan 14.000 SR. Kondisi beban biologis (BOD) IPAL Sewon saat ini masih jauh di bawah yang direncanakan. Dengan kondisi tersebut dapat mengkompensasi kapasitas yang bisa masuk ke IPAL Sewon. Desain awal untuk melayani 25.000 SR dengan perhitungan BOD sebesar kisaran 350, namun saat ini masih kisaran 250. Apabila kapasitas SR IPAL Sewon ditambah 5.000 SR sebenarnya masih bisa, namun demikian perlu perhitungan dan kesepakatan pembagian antara kabupaten/kota.