Hubungan kerjasama kabupaten/kota yang tergabung dalam Sekber Kartamantul tidak bisa dilepaskan dari peranan Pemda DIY. Rapat koordinasi tim pengarah Sekber Kartamantul dengan Sekda DIY rutin diadakan dalam rangka sinkronisasi dan koordinasi penanganan beberapa permasalahan yang beririsan atau terkait dengan