Dalam melakukan kegiatan koordinasi, fasilitasi maupun mediasi, Sekretariat Bersama Kartamantul bekerjasama dengan tim teknis yang berasal dari perwakilan Organisasi Pemerintah Daerah (OPD) baik itu dari Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Bagian Pemerintahan dan Kerjasama, Bagian Hukum, Badan Keuangan Daerah, Dinas Lingkungan Hidup, Dinas Pekerjaan Umum Perumahan dan Kawasan Permukiman, Dinas Perhubungan, Perusahaan Daerah Air Minum baik itu dari Provinsi maupun Kota Yogyakarta, Kabupaten Sleman dan Kabupaten Bantul serta Balai Besar Wilayah Sungai Serayu Opak. Tim Teknis tersebut mengalami pergantian setiap periode. Masing-masing tim teknis akan bertanggung jawab untuk kegiatan koordinasi di sektor masing-masing diantara enam sektor yang dikerjasamakan yaitu Persampahan, Air Bersih, Air Limbah, Drainase, Jalan dan Transportasi.