Kemacetan sekitar Pasar Kotagede yang disebabkan keberadaan kegiatan Pasar Legi sudah menjadi peristiwa rutin di setiap hari pasaran. Itu berarti Kawasan Kotagede setiap lima hari sekali rutin terjadi kepadatan dan penumpukan lalu lintas baik oleh pengguna jalan atau pengunjung pasar. Langkah penanganan telah dilakukan mulai dari manajemen lalu lintas, studi penataan kawasan, penataan RTBL hingga rencana rehabilitasi pasar. Berdasarkan analisis dari sisi transportasi Dinas Perhubungan Kota Yogyakarta, kemacetan baru bisa diurai jika telah dilakukan penataan Pasar Kotagede. Permasalahan utamanya adalah kondisi jalan yang relatif sempit dan adanya parkir di badan jalan khususnya di Jalan Mondorakan. Kuncinya pasar perlu dibangun dan disediakan ruang parkir baru, kemudian bisa dilakukan penataan.

           Studi terkait penataan dan rencana rehabilitasi pasar merupakan salah satu awal untuk mengurai permasalahan di Kawasan Kotagede. Penyelesaian permasalahan ini tidak bisa dilakukan secara parsial mengingat banyak aspek terkait. Kotagede sudah ditetapkan sebagai KCB, dan menjadi salah satu Kawasan Strategis Keistimewaan DIY selain Kawasan Malioboro. Rencana penataan Kawasan Malioboro oleh DIY akan selesai di 2018. Selanjutnya DIY akan beralih ke penataan KCB lain yang bisa dimungkinkan Kawasan Kotagede. Kabupaten Bantul dan Kota Yogyakarta diharapkan dapat menyiapkan social engineering di tahun 2018. Hal ini dimaksudkan agar pada saat pembangunan fisik pasar dikerjakan pada tahun 2019 oleh DIY dapat dilakukan secara optimal. DED Pasar Kotagede sudah disusun oleh Cipta Karya PU pada tahun 2015.

           Penyusunan DED Pasar Kotagede memuat nilai budaya dengan menerapkan aturan sesuai RDTRK dan pengelolaan lalu lintas sekitar pasar. Nantinya perlu ada pembatasan kapasitas baik orang, barang, dan lalu lintas yang masuk dalam kurun waktu tertentu. Selain itu perlu ada pemindahan aktivitas pasar selama revitalisasi pasar. Bangunan bernilai sejarah nantinya dipertahankan dengan berbagai ketentuan. Permasalahan parkir dan kemacetan akan diselesaikan dengan dibangun basement seluas 4.150 m² yang dapat menampung kendaraan, sehingga tidak lagi ada parkir pada badan jalan. Hal yang perlu diperhatikan yakni Kotagede mempunyai masalah terkait  genangan jika akan dilakukan pembangunan pasar dengan basement perlu juga dilakukan penanganan drainase pada kawasan tersebut. Perlu dilakukan identifikasi kegiatan apa saja dan siapa yang melakukan. Dokumen-dokumen yang berkaitan dengan penataan Kotagede perlu dilakukan pengecekan kembali. Sementara pihak Pemerintah Kota Yogyakarta juga perlu mulai menyiapkan tahapan sosialisasi.