Air limbah merupakan salah satu sektor penting yang dikerjasamakan tiga daerah yang difasilitasi oleh Sekretariat Bersama kartamantul. Kerjasama ini terkait dengan pengelolaan Balai IPAL (Instalasi Pengelolaan Limbah) Sewon serta koordinasi terkait Sambungan Rumah. IPAL sendiri mempunyai jaringan pipa yang terdiri

Perjanjian Kerjasama : Nomor: 08/Perj/Bt/2001, Nomor 06/PK.KDH/2001, dan Nomor 03/PK/2001 Tentang Pengelolaan Instalasi Air Limbah (IPAL) di Sewon Kabupaten Bantul. Substansi Kerjasama Penyusunan Master Plan Air Limbah Perkotaan Pembangunan IPAL Sewon (1993 – 1995) Pemanfaatan Bersama Jaringan dan IPAL Sewon