Perumusan PKS Sistem Pengelolaan Persampahan Regional saat ini dilakukan oleh 4 pihak terdiri dari Pemda DIY dan 3 Kabupaten/Kota yang berlaku 3 tahun sejak tanggal 20 Oktober 2016 dengan substansi lingkup kerja sama pengelolaan sampah dari sumber sampah sampai TPA Piyungan, pengaturan kontribusi Kabupaten/Kota, penanganan dampak negatif, pengelolaan TPA Piyungan, penanganan rute/jalan armada truk sampah, dan penanganan sampah liar (perbatasan dan sungai).

           Kontribusi sharing TPA Piyungan tahun 2016 merupakan masa transisi sejak habis masa berlaku PKS sebelumnya dan mulai berlaku Perda baru yaitu Perda DIY No. 3 Tahun 2016 tentang Retribusi Jasa Umum. Ada beberapa pengecualian dalam masa transisi ini, di antaranya mekanisme pembayaran sesuai penganggaran saat ini dengan melalui Bantuan Keuangan Khusus (BKK) dan besaran nilai sama dengan kontribusi TPA Piyungan tahun 2015. Lingkup kerja sama pengelolaan sampah dari sumber sampah sampai TPA Piyungan meliputi pemilahan sampah, pengumpulan sampah, pengangkutan sampah, pembangunan sarana dan prasarana pengolahan sampah, pengelolaan TPA Piyungan, kontribusi Kabupaten/Kota, penanganan dampak negatif, dan monitoring dan evaluasi. Ruang lingkup kerja sama ini lebih detail dijelaskan pada pasal pelaksanaan kegiatan pada masing-masing ruang lingkup.

           Penanganan dan pemulihan dampak negatif yang disebabkan oleh pengelolaan TPA Piyungan menuju sistem Sanitary Landfill di sekitar lokasi TPA dilakukan oleh lintas OPD DIY meliputi PUPESDM, Dinas Kesehatan, BLH, dan Dinas Sosial. Dengan demikian dalam penanganan dampak negatif tidak menutup kemungkinan untuk dilakukan secara bersama-sama oleh lintas OPD DIY. Sementara itu, penanganan dampak negatif di sepanjang rute pengangkutan dilakukan oleh Kabupaten/Kota.