Kepengurusan Sekber Kartamantul dilakukan secara bergantian antara Kabupaten Sleman, Kabupaten Bantul, dan Kota Yogyakarta. Kepengurusan periode tahun 2017-2019 berada di bawah Pemerintah Kabupaten Sleman dan telah berakhir. Oleh karena itu perlu pergantian kepengurusan yang telah menyepakati Pemerintah Kabupaten Bantul sebagai pengampu Sekber Kartamantul periode tahun 2020-2022.

Serah terima kepengurusan Sekber Kartamantul periode 2020-2022 telah dilakukan pada tanggal 17 Januari 2020 di Ruang Rapat A Bappeda DIY dengan dihadiri oleh Bapak Sumadi, SH. MH. selaku Sekda Kabupaten Sleman sekaligus Ketua Sekber Kartamantul periode 2017-2019 dan juga turut hadir pula Bapak Drs. H. Helmi Jamharis, M. M. selaku Sekda Kabupaten Bantul sekaligus Ketua Sekber Kartamantul baru periode 2020-2022. Bapak Isa Budi Hartomo, MT Kepala Bappeda Kabupaten Bantul  yang juga sebagai Sekretaris Sekber Kartamantul yang baru juga turut hadir dalam acara ini. Penandatanganan Berita Acara Serah Terima Kepengurusan Sekber Kartamantul dilakukan oleh pejabat lama dari Pemerintah Kabupaten Sleman kepada pejabat baru yang ditunjuk dari Pemerintah Kabupaten Bantul.

Selama kepengurusan Sekber Kartamantul di bawah Pemerintah Kabupaten Sleman telah berhasil menyusun 1 Kesepakatan Bersama dan 5 Perjanjian Kerjasama terkait sektor persampahan, air limbah, air bersih, dan jalan yang juga merupakan bagian sektor kerjasama Sekber Kartamantul. Beberapa catatan yang perlu ditindaklanjuti oleh kepengurusan baru juga telah disampaikan dalam acara ini. Hal ini agar keberadaan Sekber Kartamantul lebih dapat memberi banyak manfaat untuk masyarakat terutama terkait permasalahan yang ada di perbatasan supaya lebih mudah diselesaikan. Dalam kesempatan ini, Bapak Drs. H. Helmi Jamharis, M. M. selaku Ketua Sekber Kartamantul baru juga menyampaikan perlunya doa restu, dukungan, dan masukan agar Sekber Kartamantul ke depan mampu menjadi mitra dan memberikan kontribusi positif bagi pembangunan di DIY.