Air limbah merupakan salah satu sektor penting yang dikerjasamakan tiga daerah yang difasilitasi oleh Sekretariat Bersama kartamantul. Kerjasama ini terkait dengan pengelolaan Balai IPAL (Instalasi Pengelolaan Limbah) Sewon serta koordinasi terkait Sambungan Rumah. IPAL sendiri mempunyai jaringan pipa yang terdiri dari jaringan induk dan lateral sepanjang 183 km. Pipa sepanjang 52 km ditangani Balai IPAL, sedangkan sisanya sepanjang 131 km dikelola pemerintah Kota Yogyakarta.
Pengelolaan Balai IPAL masih dalam tahapan penataan. Berdasarkan dokumen MSMHP (Metropolitan Sanitation Manajemen and Health Project) aset yang ada dikelola DIY. Sehingga dalam proses penataan pengelolaan diharapkan aset yang masih menjadi milik pusat dapat diserahkan untuk memudahkan pengelolaan. Umur peralatan balai IPAL juga perlu mendapatkan perhatian. Beberapa peralatan perlu pembaharuan (reinstalment).
Perkembangan selanjutnya perlu pemikiran permasalahan pengelolaan dan pembiayaan. Berkaitan dengan pengelolaan DPRD telah menyetujui Perda tentang Pengelolaan Air Limbah Domestik yakni Perda No 2 Tahun 2013. Pengelolaan IPAL Sewon selanjutnya perlu ditindaklanjuti dengan perjanjian kerjasama antar kabupaten/kota . Permasalahan pembiayaan terutama operasional IPAL diperlukan sharing ketiga daerah. Beberapa wacana pengelolaan limbah juga mulai muncul. Wacana yang muncul diantaranya penyatuan pengelolaan air limbah dan pengelolaan air minum.
Hal lain yang perlu disoroti adalah masalah Sambungan Rumah (SR). Pada dokumen MSMHP telah ada ketentuan bahwa sampai tahun 2014 harus sudah tercapai. Terkait dengan dokumen MSMHP DIY mendorong adanya konsep kerjasama MSMIP (MSMHP tahap 2) melalui Cipta Karya. Dinas PU Kabupaten Bantul mengharapkan DIY dapat membantu kabupaten/kota untuk memfasilitasi pembangunan sambungan rumah sesuai dengan target. Sampai saat ini sambungan rumah yang sudah terbangun di Kabupaten Bantul kurang lebih 2000 sambungan. Dengan adanya peran DIY diharapkan target SR yang terpasang pada 2014 diharapkan memenuhi atau setidaknya mendekati target.
